نحوه کار با نرم افزار لمپس
امروزه شبیه سازی های دینامیک مولکولی یکی از روش های مرسوم در زمینه بررسی خواص مکانیکی و ترمودینامیکی نانوساختارها (ساختارهای اتمی و مولکولی) به شمار می رود. در زمینه استفاده از شبیه سازی های دینامیک مولکولی، نرم افزارهای متنوعی در دسترس پژوهشگران قرار گرفته است که از مهمترین آن ها می توان به نرم افزار لمپس اشاره کرد. نرم افزار لمپس به علت رایگان و منبع باز بودن توجه بسیاری از پژوهشگران را در نقاط مختلف جهان به خود معطوف کرده است. از سوی دیگر این نرم افزار با داشتن میدان نیروهای متنوع که بیان کننده اندرکنش بین اتمی در نانوساختارها است، توانایی شبیه سازی دسته وسیعی از مواد را دارا است. از همین رو تعداد مقالات چاپ شده با استفاده از این نرم افزار به شدت افزایش یافته است که نمونه هایی از این مکتوبات علمی در این لینک قابل مشاهده است. از دیدگاه تکنیکی، نرم افزار لمپس دارای محیط گرافیکی نبوده و با استفاده از فایل ورودی اجرا می شود. نمونه ای از فایل ورودی نرم افزار لمپس در شکل ۱ قابل مشاهده است. خطوط قابل مشاهده در فایل ورودی نرم افزار لمپس، شامل دستورات قابل فهم برای این نرم افزار بوده و هر یک موجب ایجاد تنظیمات خاص در شبیه سازی های دینامیک مولکولی انجام شده توسط این نرم افزار می شود. نمونه های از کدهای ورودی بیان شده در این لینک توسط کارشناسان مرکز محاسباتی لمپس دات آی آر ارائه شده است.
شکل ۱. نمونه ای از فایل ورودی مورد استفاده در شبیه سازی های دینامیک مولکولی با استفاده نرم افزار لمپس.
از دیدگاه تکنیکی، به منظور اجرای نرم افزار لمپس در محیط ویندوز/لینوکس نیازمند استفاده از ناحیه cmd/terminal خواهیم بود. به گونه ای که با استفاده از این محیط، فرمان اجرایی نرم افزار لمپس به منظور فراخوانی فایل ورودی صادر می شود. ویدیو ۱ نشانگر نحوه کار با نرم افزار لمپس در محیط ویندوز است. از دیدگاه محاسباتی نیز، اجرای نرم افزار لمپس به صورت سری (تک هسته) و موازی (چندین هسته) ممکن بوده و این فرایند باعث می شود تا استفاده از نرم افزار لمپس در رایانه های معمولی (خانگی) یا ابررایانه ها امکان پذیر باشد. پژوهشگران باید توجه داشته باشند که استفاده از چندین هسته محاسباتی در فرایند اجرای کد ورودی موجب تسریع در اتمام شبیه سازی ها و چاپ خروجی خواهد شد. از دیگر نکات مهم در زمینه کار با نرم افزار لمپس، امکان ایجاد فایل گرافیکی به عنوان یکی از خروجی های حاصل از شبیه سازی های دینامیک مولکولی است که این توانمندی نرم افزار لمپس موجب درک بیشتر شبیه سازی های صورت پذیرفته، خواهد شد.
ویدیو ۱. نحوه کار با نرم افزار لمپس (اجرای نرم افزار لمپس) در سیستم عامل ویندوز.
1 دیدگاه
به گفتگو ملحق شوید و نظرتان را به ما بگویید.
دیدگاه ها بسته شده اند.
سلام من با لمپس شبیه سازی میکنم چند روز برنامه به حالت ران هستش ولی به علت برق رفتگی دیگه برنامه کنسل میشه و نمیتونم دوباره از همون جا ران را ادامه بدم و کلا باید برنامه را از اول ران کنم ،از شما خواهشمندم که که اگر راهکاری یا برنامه ای برای این مشکل من دارید راهنمایی بفرمایید(یعنی از همون جایی مه برق رفته و کنسل شده ،ادامه بدهم) .خیلی ممنون
با سلام و احترام
برای اینکه بعد از خاموشی بتونین ادامه اجرا رو داشته باشید باید از دستور restart استفاده کنین. اطلاعات مربوط به این دستور در لینک https://docs.lammps.org/restart.html#:~:text=You%20can%20use%20the%20write_restart,0%20and%20the%20minimization%20converges. وجود داره. اما با توجه به اینکه این روزها، این سوال زیاد تکرار میشه تا ۲۴ ساعت آتی پستی در بلاگ سامانه لمپس دات آی آر بارگذاری می کنیم برای ارائه آموزش در زمینه استفده از دستور restart.
سلام
چطور میشه از لمپس توی ویندوز به صورت موازی استفاده کرد؟
من روی سیستم دانشگاه گذاشتم که ۴۰ هسته ای هست ولی سرعت خیلی پایینه و از همه هسته ها استفاده نمی کنه انگار
ممنون میشم راهنمایی کنید
سلام، وقت شما بخیر
برای اجرای موازی نرم افزار لمپس باید در ابتدا نرم افزار MPICH رو در کامپیتور نصب کنین و سپس از یکی از دستورهای زیر برای اجرا استفاده بکنین:
mpiexec -localonly 4 lmp -in in.file
mpiexec -np 4 lmp -in in.file
توضیحات بیشتر در صفحه زیر قابل مشاهده است:
https://docs.lammps.org/Run_windows.html
موفق باشید
سلام وقتتون بخیر.
من تازه میخوام لمپس را راه اندازی کنم. input.txt را باید از کجا بیارم؟ لطفا جوابمو بدید.
سلام، وقت شما بخیر
فایل input، فایل اصلی شبیه سازی در نرم افزار لمپس است که باید توسط خو فرد برای شبیه سازی موردنظر آماده شود. اما به صورت پیش فرض تعدادی مثال برای فرایندهای مختلف فیزیکی، شیمیایی، مهندسی و … در پوشه examples لمپس وجود داره. این پوشه بعد از نصب نرم افزار در پوشه اصلی نرم افزار لمپس قابل مشاهده است.
پیروز باشید
سلام وقت بخیر و عرض ادب
در اجرای نرم افزار لمپس در محیط لینوکس در صورتیکه بخواهیم چند فایل مانند دیتا فایل و فایل های پتانسیل به همراه فایل وروی خوانده شود باید از چه دستور و سینتکسی استفاده کنیم.
تشکر
با عرض سلام و وقت بخیر
باید در اسکریپت اصلی لمپس (فایل ورودی) نام این فایل های متمم آورده شود. به عنوان مثال با دستور … read_data ، “دیتا فایل” فراخوانی شده و با دستوری همچون … pair_coeff “فایل پتانسیل” فراخوانی خواهد شد.
پیروز باشید
سلام وقت بخیر
ببخشید من هر کد دستوری میزنم کدهای مد نظرم ران نمیشه و میگه دستور وارد شده نادرست هست. ممنون میشم بگید چیکار کنم؟
lmp_serial -in
lmp- in
lmp -in , ….
سلام، وقت شما بخیر
لطفا از طریق ویدیو زیر که توسط همکارانمان در یوتیوب بارگذاری شده، فرایند ران خودتان را مجددا چک بفرمایید …
https://www.youtube.com/watch?v=RGq1e4UUmMI
استفاده از فیلترشکن برای مشاهده ویدیو بالا (با توجه به بارگذاری آن در یوتیوب) الزامی خواهد بود.