آشنایی با نرم افزار وی ام دی (VMD)
نرم افزار وی ام دی (VMD) یکی از مهمترین ابزارها برای نمایش ساختارهای اتمی است. برای این منظور، ابتدا نرم افزار وی ام دی را اجرا میکنیم و سپس فایل موردنظر همچون data.xyz را به داخل نرم افزار منتقل میکنیم. با انجام این فرایند ساختار اتمی مربوطه نمایش داده می شود. از دیدگاه فنی برای نمایش هر چه بهتر ساختار اتمی می توان به قسمت graphics رفته و گزینه representations را انتخاب کرد. در این قسمت و با گزینه coloring method می توان روش رنگ بندی اتم ها و با استفاده از گزینه drawing method نحوه نمایش اتم ها را می توان مشخص کرد. شکل ۱ نشانگر محیط کاربری این نرم افزار است.
شکل ۱. نمایی از محیط کاربری نرم افزار وی ام دی.
نرم افزار وی ام دی علاوه بر نمایش گرافیکی ساختارها، امکان مدلسازی اتمی را نیز به کاربر می دهد. این نرم افزار می تواند برای شبیه سازی دسته مختلفی از ساختارها همچون محلول ها، غشاء های اتمی، نانوساختارها و … استفاده شود. یکی از مهمترین ساختارهایی که با استفاده از این نرم افزار می توان مدلسازی کرد، نانوصفحات و نانولوله های اتمی است. برای این منظور، قسمت representation را باز کرده و سپس گزینه nanotube builder را انتخاب می کنیم. در فهرست ایجاد شده می توان نانوصفخات و نانولوله ها از جنس کربن و برن نیترید را با اندازه های دلخواه مدلسازی کرد. در این ماژول از نرم افزار وی ام دی، ابتدا با استفاده از گزینه material نوع اتمهای نانوساختارها انتخاب می شود. گزینههای bonds-angles-dihedrals-impropers برای مشخص کردن انواع اندرکنش های پیوندی در نمونه اتمی انتخاب می شود. قسمت های nanotube generator و nanosheet generater در این ماژول نیز به ترتیب برای مدلسازی نانولوله ها و نانوصفحات استفاده می شود. پس از مدلسازی نانوساختارهای موردنظر نیز فرایند ذخیره سازی فایل دیتا ایجاد شده با انتخاب قسمت File و گزینه save coordinates قابل دسترس خواهد بود. نرم افزار وی ام دی از طریق این لینک به صورت رایگان قابل دریافت است. ویدیو ۱ ارائه شده در قسمت زیر نیز نحوه نصب نرم افزار وی ام دی در سیستم عامل ویندوز را نشان می دهد.
ویدیو ۱. نحوه نصب نرم افزار وی ام دی در سیستم عامل ویندوز.