پایگاه دانلود نرم افزارهای کاربردی
مجموعه نرم افزار لمپس، نرم افزارهای گرافیکی و سایر نرم افزارهای مرتبط با دینامیک مولکولی به صورت رایگان در این بخش از سامانه لمپس دات آی آر در دسترس پژوهشگران قرار گرفته است.
نرم افزار لمپس (LAMMPS)
LAMMPS یک نرم افزار شبیه سازی است که بر اساس نظریه دینامیک مولکولی کار می کند. دینامیک مولکولی در ابتدا در فیزیک نظری در دهه ۱۹۵۰ استفاده شد اما امروزه با گسترش حیطه کاربرد آن در علم مواد و زیست مولکولی نیز بکار می رود و قابلیت شبیه سازی سیستم های زیستی و مهندسی را دارا است. این نرم افزار با در اختیار داشتن میدان نیروهای (پتانسیل های بین اتمی) متنوع فراهم کننده بستری مناسب برای شبیه سازی نمونه های مختلف، از سیستم های اتمی و مولکولی گرفته تا انواع پروتئین ها و سیستم های زیستی است. از مهمترین ویژگی های این نرم افزار می توان به شبیه سازی سیستم های پر ذره اشاره کرد که با استفاده از روش الگوریتم ورله سرعتی قادر به انجام محاسبات مربوط به دینامیک ساختارها در کوتاه ترین زمان ممکن است.
نرم افزار وی ام دی (VMD)
VMD یک نرم افزار مدلسازی اتمی و گرافیکی است که برای اشکال زدایی، تصحیح پیکربندی سیستم و نمایش گرافیکی نتایج حاصل از نرم افزار لمپس کاربرد دارد. از مهمترین ویژگی های این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:
- ویژه متصور ساختن اتم ها در شبیه سازی است.
- رایگان است.
- دارای نسخه لینوکس و وینذوز می باشد.
- امکانات زیادی از قبیل تولید تصاویر متحرک (فیلم) از شبیه سازی های انجام شده را دارا می باشد.
نرم افزار اویتو (OVITO)
OVITO یک نرم افزار گرافیکی است که بیشتر در زمینه بررسی و مشاهده ساختارهای اتمی شبیه سازی شده کاربرد دارد. OVITO در کشور آلمان توسعه یافته و روش استفاده از این نرم افزار بسیار ساده است. این نرم افزار گرافیکی بیشتر امکانات نرم افزار VMD را دارا است با این تفاوت اساسی که از این نرم افزار می توان برای نمایش ساختار های بیضی گون و فاکتورهای اساسی مرتبط با این نوع ساختارها از قبیل جهت گیری مربوط به بیضی گون ها، ممنتوم ها و … استفاده کرد.
نرم افزار آرگوسلب (ArgusLab)
ArgusLab یک نرم افزار مدلسازی اتمی و مولکولی است که بیشتر در زمینه مدلسازی ساختار های اتمی پیچیده و پایدارسازی آن ها کاربرد دارد. این نرم افزار در کشور آمریکا و برای نسخه های مختلف سیستم عامل ویندوز توسعه یافته و استفاده از آن رایگان است. از مهمترین ویژگی های این نرم افزار داشتن واسط گرافیکی و درنتیجه کاربرد بسیار آسان آن را می توان عنوان کرد.
نرم افزار بیووک (BioVEC)
BioVEC یک نرم افزار برای نمایش اتم ها و ساختارهای شبیه سازی شده به وسیله ی نرم افزارهای مختلف می باشد که به صورت رایگان در اختیار علاقمندان قرار داده شده است. یکی از نقاط قوت این نرم افزار که علاقمندی برای استفاده از آن را افزایش داده است امکان نمایش دیسک ها ی شبیه سازی شده و ذرات بیضی گون است.
نرم افزار پکمول (PACKMOL)
PACKMOL یک نرم افزار گرافیکی می باشد که بیشتر در زمینه ی آنالیز و مشاهده ی ساختارهای اتمی شبیه سازی شده کاربرد دارد. این نرم افزار گرافیکی بیشتر امکانات نرم افزار VMD را دارا می باشد که از مهمترین ویژگی های این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:
- رایگان است.
- دارای نسخه لینوکس و وینذوز می باشد.
- ویژه متصور ساختن اتم ها در شبیه سازی است.
نرم افزار متریالز استودیو (MATERIALS STUDIO)
MATERIALS STUDIO یک محیط مدل سازی و شبیه سازی کامل است که به محققان علم مواد و شیمی و فیزیک امکان توسعه مواد جدید از طریق پیش بینی روابط بین ساختار اتمی و مولکولی مواد با خواص و رفتار آنها را می دهد. با استفاده از متریال استدیو محققان صنایع مختلف می توانند مواد بهتر از جمله دارو، کاتالیزور، پلیمر و کامپوزیت، فلزات و آلیاژها، باتری و سلول های سوختی، نانومواد و … را مهندسی کنند.
دانلود نسخه ویندوز ۳۲/۶۴ بیتی
نرم افزار اپن بابل (Openbabel)
Openbabel یک نرم افزار کامپیوتری مختص فرایندهای شیمیایی و فیزیکی است و عمدتا برای تبدیل فرمت فایل های شیمیایی استفاده می شود. علاوه بر تبدیل فرمت های فایل، یک کتابخانه برنامه نویسی کامل برای توسعه نرم افزار شیمی ارائه می دهد. این کتابخانه به طور عمده در ++c نوشته شده است. از مهمترین ویژگی های این نرم افزار می تاون به موارد زیر اشاره کرد:
- قابلیت خواندن، نوشتن و تبدیل بیش از ۱۱۰ فرمت فایل های شیمیایی فیلتر کردن و جستجو فایل های مولکولی با استفاده از SMARTS و سایر روش ها.
- قابلیت جستجو و فیلتر کردن فایل های ساختار شیمیایی با روش های مختلف.
- قابلیت پشتیبانی از مدل سازی مولکولی، شیمی انفورماتیک، بیو انفورماتیک، شیمی آلی، شیمی معدنی، جامدات، مواد شیمیایی هسته ای و … .
- این نرم افزار رایگان و منبع باز است که تحت مجوز عمومی GNU(GPL)2.0 منتشر شده است.
- این نرم افزار برای سیستم عامل های ویندوز، یونیکس، لینوکس، مک و اندروید قابل استفاده است.
نرم افزار آووگادرو (Avogadro)
Avogadro یک نرم افزار گرافیکی و ویرایشگر مولکولی پیشرفته است که برای استفاده در زمینه محاسبات شیمیایی، مدل سازی مولکولی، بیوانفورماتیک، علم مواد و زمینه های مرتبط طراحی شده است. این نرم افزار در زبان ++C نوشته شده است. از مهمترین ویژگی های این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:
- سهولت در نصب نرم افزار
- در دسترس بودن کدهای منبع و قابلیت تغییر یا گسترش در این کدها
- انتشار نرم افزار تحت مجوز GPL
- معماری پلاگین برای توسعه دهندگان، از جمله رندر، ابزار تعاملی، دستورات و اسکریپت های پایتون
- امکان وارد کردن پرونده های شیمیایی موجود در نرم افزارهای دیگر از قبیل Open Babel
- تولید ورودی برای چندین بسته شیمیایی محاسباتی و کریستالوگرافی
- پشتیبانی از رندر و محاسبات چند رشته ای
- انتشار نرم افزار به هفت زبان زنده دنیا از قبیل: چینی، انگلیسی، فرانسوی، آلمانی، ایتالیایی، روسی، اسپانیایی
- قابلیت استفاده در سیستم عامل های لینوکس، مک ،یونیکس، ویندوز
نرم افزار کوانتوم ای تی کی (Quantum ATK)
نرم افزار کوانتوم ای تی کی یک نرم افزار شبیه سازی در ابعاد اتمی است که قابلیت مدلسازی انواع مختلفی از ترکیبات اتمی ساده و پیچیده را در خود دارد. از مهمترین ویژگی های این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:
- سهولت در نصب نرم افزار
- تجاری بودن نرم افزار
- توانمندی بالا در مدلسازی انواع ساختارهای اتمی
- امکان وارد کردن پرونده های شیمیایی موجود در نرم افزارهای دیگر از قبیل Open Babel
- تولید ورودی برای چندین بسته شیمیایی محاسباتی و کریستالوگرافی
- انجام انواع محاسبات بر پایه فیزیک کوانتوم
