فرمت دیتا فایل های نرم افزار وی ام دی
دیتا فایل های موجود در شبیه سازی های دینامیک مولکولی دارای فرمت های مختلفی است. نرم افزار “وی ام دی” از دیتا فایل با فرمت های مختلف پشتیبانی می کند که از مهمترین آن ها می توان به موارد زیر اشاره کرد:

.bgf, binpos, crd, crdbox, dcd, dtr, dtrv, trrje, js, lammpstrj, mae, mol2, namdbin, pdb, pqr, rst7, poscar, xbgf, xyz

فرمت xyz یکی از مرسوم ترین فرمت های مورد استفاده در شبیه سازی های دینامیک مولکولی و نرم افزار لمپس است به طوری که این فرمت از دیتا فایل ها، دارای ساختار کلی ارائه شده در شکل زیر است.

در نرم افزار لمپس به منظور ایجاد دیتا فایل قابل استفاده و نمایش در نرم افزار وی ام دی باید از دستور ایجاد دیتا فایل استفاده کرد. دستور تولید فایل خروجی برای نرم افزار وی ام دی در شکل زیر قابل مشاهده است.

نمایش ساختارهای شبیه سازی شده با استفاده از نرم افزار وی ام دی
برای نمایش ساختارهای اتمی و مولکولی با استفاده از نرم افزار وی ام دی، در ابتدا این نرم افزار اجرا می شود. سپس مطابق با شکل های زیر، از منو اصلی گزینه “File” و سپس گزینه “New Molecule” انتخاب می شود.

پس از طی مراحل بالا، پنجره ای به صورت زیر ظاهر می شود. در منوی جدید باز شده، گزینه “Browse” انتخاب می شود.

سپس فایل موردنظر از آدرس مربوطه انتخاب شده و سپس با انتخاب گزینه “Load” ساختار اتمی و مولکولی انتخابی قابل نمایش خواهد بود.

در ادامه با استفاده از گزینه “graphical representation” می توان چگونگی نمایش اتم ها و مولکول ها را از دیدگاه گرافیکی در این نرم افزار نشان داد.

از سوی دیگر تغییر رنگ قسمت های مختلف ساختار نمایش داده شده در نرم افزار وی ام دی با استفاده از قسمت “colors” امکان پذیر خواهد بود.

 

نرم افزار آووگادرو (Avogadro)
نرم افزار آووگادرو یک نرم افزار گرافیکی و ویرایشگر مولکولی پیشرفته است که برای استفاده در زمینه محاسبات شیمیایی، مدل سازی مولکولی، بیوانفورماتیک، علم مواد و زمینه های مرتبط طراحی شده است. این نرم افزار در زبان سی پلاس پلاس نوشته شده است.

ویژگی های نرم افزار آووگادرو
نرم افزار آووگادرو دارای ویژگی های متنوعی است که از مهمترین آنها می توان به موارد زیر اشاره کرد:

• سهولت در نصب نرم افزار
• در دسترس بودن کدهای منبع و قابلیت تغییر یا گسترش در این کدها
• انتشار نرم افزار تحت مجوز GPL
• معماری پلاگین برای توسعه دهندگان، از جمله رندر، ابزار تعاملی، دستورات و اسکریپت های پایتون
• امکان وارد کردن پرونده های شیمیایی موجود در نرم افزارهای دیگر از قبیل Open Babel
• تولید ورودی برای چندین بسته شیمیایی محاسباتی و کریستالوگرافی
• پشتیبانی از رندر و محاسبات چند رشته ای
• انتشار نرم افزار به هفت زبان زنده دنیا از قبیل: چینی، انگلیسی، فرانسوی، آلمانی، ایتالیایی، روسی، اسپانیایی
  
• قابلیت استفاده در سیستم عامل های  لینوکس، مک ،یونیکس، ویندوز

در ویدیو زیر نحوه نصب این نرم افزار در سیستم عامل ویندوز و نحوه نمایش یک ساختار اتمی با استفاده از این نرم افزار و عکسبرداری از آن ارائه شده است.

نرم افزار اپن بابل (Openbabel)
نرم افزار اپن بابل یک نرم افزار رایانه ای مختص فرایندهای شیمیایی و فیزیکی است و عمدتا برای تبدیل فرمت فایل های شیمیایی استفاده می شود. علاوه بر تبدیل فرمت های فایل، یک کتابخانه برنامه نویسی کامل برای توسعه نرم افزار شیمی ارائه می دهد. این کتابخانه به طور عمده در زبان برنامه نویسی سی پلاس پلاس نوشته شده است. از مهمترین ویژگی های این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:

• قابلیت خواندن، نوشتن و تبدیل بیش از ۱۱۰ فرمت فایل های شیمیایی، فیلتر کردن و جستجو فایل های مولکولی با استفاده از روش اسماترز و سایر روش ها.
• قابلیت جستجو و فیلتر کردن فایل های ساختار شیمیایی با روش های مختلف.
• قابلیت پشتیبانی از مدل سازی مولکولی، شیمی انفورماتیک، بیو انفورماتیک، شیمی آلی، شیمی معدنی، جامدات، مواد شیمیایی هسته ای و … .
• این نرم افزار رایگان و منبع باز است که تحت مجوز عمومی “جی پی ال” منتشر شده است.
• این نرم افزار در سیستم عامل های ویندوز، یونیکس، لینوکس، مک و اندروید قابل استفاده است.