خروجی های نرم افزار لمپس
به طور مرسوم، هدف نهایی از انجام شبیه سازی های دینامیک مولکولی در یک رایانه معمولی یا ابررایانه، ارزیابی عملکرد ساختارهای اتمی/مولکولی در یک زمینه خاص است. برای این منظور خروجی های حاصل از شبیه سازی های انجام شده از اهمیت بالایی برخوردار خواهند بود. خروجی های حاصل از شبیه سازی های دینامیک مولکولی انجام شده توسط نرم افزار لمپس به دو دسته کلی:
- خروجی های گرافیکی
- خروجی های ترمودینامیکی (عددی)
تقسیم بندی می شوند. در خروجی های گرافیکی حاصل از نرم افزار لمپس، تحول زمانی ساختارهای شبیه سازی شده قابل مشاهده است. این دسته از خروجی ها معمولا با استفاده از دستور پرکاربرد “dump” قابل دست یابی است. برای استفاده از فایل اشاره شده، نرم افزار های متنوعی طراحی شده اند که از مهمترین آن ها می توان به نرم افزارهای زیر اشاره کرد:
- وی ام دی (VMD)
- اویتو (OVITO)
از سوی دیگر خروجی های ترمودینامیکی (فیزیکی) متنوعی برای نمونه های شبیه سازی شده به کمک نرم افزار لمپس قابل دست یابی خواهد بود که برخی از این خروجی ها عبارتند از:
- دما
- انرژی پتانسیل
- انرژی جنبشی
- آنتالپی
- آنتروپی
- انرژی برهمکنشی
- تابع توزیع شعاعی
- …
نمونه کمیت های فیزیکی اشاره شده در اینجا با استفاده از دو دستور “compute” و یا “thermo_style” قابل محاسبه (چاپ) بوده و همچنین با به کارگیری دستور “variable” امکان ترکیب کمیت های فیزیکی محاسبه شده به منظور برآورد یک پارامتر ترمودینامیکی (فیزیکی) پیچیده تر وجود دارد. از دیدگاه کاربردی، بسیاری از خروجی های ترمودینامیکی در فایل “log” قابل چاپ بوده و برای نمایش برخی دیگر از کمیت های ترمودینامیکی فایل “dump” مورد استفاده قرار می گیرد.