آشنایی با نرم افزار آووگادرو
آووگادرو یکی از نرم افزارهای رایگان و قدرتمند در زمینه مدلسازی انواع ساختارهای اتمی است. در عین حال این نرم افزار امکان دستکاری مدل های اتمی آماده را همچون تغییرات pH، اضافه کردن هیدروژن و … را نیز فراهم می آورد. در شکل ۱ نمایی از محیط کاربری این نرم افزار نمایش داده شده است.
شکل ۱. نمایی از محیط کاربری نرم افزار آووگادرو.
دو روش اصلی که به منظور مدلسازی انواع مختلف ساختارهای اتمی با استفاده از این نرم افزار وجود دارد، عبارتند از:
- استفاده از کتابخانه ساختارهای اتمی این نرم افزار
- طراحی ساختار اتمی با استفاده از ماژول Draw Tool
در حالت اول و به منظور استفاده از کتابخانه ساختارهای اتمی نرم افزار آووگادرو قسمت file و سپس گزینه import و crystal انتخاب شده و در نهایت با جستجوی فرمول شیمیایی نمونه موردنظر، جزء اصلی آن (ساختار اولیه نمونه) ایجاد می شود. در ادامه به منظور بسط و بزرگ کردن ساختار با ابعاد دلخواه قسمت build و سپس supercell builder انتخاب می شود که با انتخاب عدد برای هر یک از راستاهای x، y و z اندازه نمونه مورد بررسی می تواند تنظیم شود. در حالت دوم با استفاده از قسمت Draw Tool، جدول تناوبی فعال شده و با انتخاب اتم و پیوند موردنظر، مدلسازی انواع نمونه های اتمی ممکن خواهد بود. باید توجه داشت که در این حالت با توجه به دقیق نبودن نمونه اتمی اولیه مدلسازی شده، امکان بهینه سازی انرژی در نمونه اتمی ممکن است تا از این طریق جایگاه اتم ها به پایدارترین جایگاه ممکن تغییر یابد. به منظور ذخیره ساختارهای اتمی نیز می توان قسمت File را انتخاب کرده و با گزینه save as اقدام به ذخیره سازی نمونه اتمی با فرمت دلخواه می کنیم. این نرم افزار از طریق این لینک به صورت رایگان قابل دریافت است. ویدیو ۱ ارائه شده در قسمت زیر نیز نحوه نصب نرم افزار آووگادرو در سیستم عامل ویندوز را نشان می دهد.
ویدیو ۱. نحوه نصب نرم افزار آووگادرو در سیستم عامل ویندوز.