خروجی گرافیکی در لمپس
ایجاد خروجی گرافیکی در نرم افزارهای دینامیک مولکولی یکی از مهمترین مراحل در شبیه سازی ساختارهای اتمی به شمار می رود. خروجی های گرافیکی ایجاد شده در این دسته از مطالعات می تواند در زمینه های مختلفی از قبیل نمایش ساختارهای اتمی، رفع ابهام و نقص در شبیه سازی ها و ایجاد ویدیو یا تصویر از روند شبیه سازی به کار رود. نرم افزارهایی که بر پایه روش دینامیک مولکولی عمل می کنند، با استفاده از دستور معینی اقدام به ایجاد فایل خروجی گرافیکی می کنند. این فایل های خروجی که معمولا “dump” نامیده می شوند، توسط نرم افزارهای ثانویه فراخوانی شده و بدین ترتیب نمایش گرافیکی نمونه های اتمی ممکن می شود. خروجی های “dump” ایجاد شده توسط نرم افزارهای دینامیک مولکولی می توانند دارای فرمت های مختلف از قبیل:
- xyz
- pdb
- mol
- …
باشند. پس از ایجاد، این خروجی ها توسط نرم افزارهایی همچون VMD و OVITO فراخوانی و نمایش داده می شوند. در شکل ۱ نمونه ای از ساختارهای اتمی شبیه سازی شده که به صورت گرافیکی درآمده اند، نمایش داده شده است.
شکل ۱. نمایش گرافیکی برخی از نمونه های اتمی شبیه سازی شده با روش دینامیک مولکولی.
در نرم افزار لمپس نیز امکان ایجاد فایل گرافیکی به عنوان خروجی وجود دارد به گونه ای که با فراخوانی این فایل توسط نرم افزارهای گرافیکی، چیدمان اتمی ساختارهای مورد مطالعه قابل نمایش خواهد بود. از دیدگاه تکنیکی، فایل های گرافیکی خروجی نرم افزار لمپس دارای فرمت “xyz” بوده و با استفاده از دستور “dump” چاپ می شوند. باید به این نکته توجه داشت که در فایل های خروجی با فرمت “xyz”، تعداد اتم های حاضر در شبیه سازی به همراه نوع و مختصات اتم ها چاپ و ذخیره می شود. البته ذخیره سازی سایر ویژگی های سیستم های اتمی همچون دما، استرس و … نیز با استفاده از دستور “dump” در نرم افزار لمپس امکان پذیر خواهد بود که اطلاعات کامل در این مورد در سایت رسمی نرم افزار و این لینک قابل مشاهده است. ویدیو شماره ۱ ارائه شده در قسمت زیر نشانگر نحوه ذخیره خروجی گرافیکی در نرم افزار لمپس است.
ویدیو ۱. نحوه ایجاد فایل خروجی گرافیکی در نرم افزار لمپس با استفاده از دستور “dump”.