بسته آموزشی نرم افزار لمپس

نرم افزار لمپس یک نرم افزار شبیه سازی است که بر اساس نظریه دینامیک مولکولی کار می کند. دینامیک مولکولی در ابتدا در فیزیک نظری در دهه ۱۹۵۰ استفاده شد اما امروزه با گسترش حیطه کاربرد آن، این روش در علم مواد و زیست مولکولی نیز بکار می رود و قابلیت شبیه سازی سیستم های زیستی و مهندسی را دارا است. این نرم افزار با در اختیار داشتن میدان نیروهای متنوع فراهم کننده بستری مناسب برای شبیه سازی نمونه های مختلف اتمی، از سیستم های اتمی و مولکولی ساده گرفته تا انواع پروتئین ها و سیستم های زیستی است که از مهمترین ویژگی های آن می توان به شبیه سازی سیستم های پر ذره اشاره کرد.

بسته آموزشی نرم افزار لمپس، یک پکیج کامل در راستای آموزش مفاهیم دینامیک مولکولی، نرم افزار لمپس و بهره گیری از نرم افزارهای مکمل به منظور شبیه سازی های MD است. این پکیج آموزشی در هشت مرحله ی گام به گام توسط روزبه ثابت وند تدوین گردیده است که عبارتست از:

• گام نخست، کاربر در ابتدا با اساس دینامیک مولکولی آشنا شده و توضیحات مکفی در زمینه ی آشنایی با نرم افزار لمپس ارائه می گردد.
• در دو گام بعدی، نحوه ی نصب نرم افزار در محیط ویندوز و لینوکس تشریح شده و مثال هایی در زمینه نحوه اجرای سریال و موازی شبیه سازی های لمپس بیان گردیده است.
• در گام چهارم، کاربر با ساختار کلی کدهای نرم افزار لمپس آشنا شده و توضیح کاملی در مورد بخش های مختلف یک کد ورودی ارائه می شود.
• گام پنجم اختصاص دارد به آشنا ساختن کاربر با ساختار دیتا فایل های ترم افزار لمپس و نحوه ایجاد هندسه ابتدایی شبیه سازی های دینامیک مولکولی با استفاده از دیتا فایل ورودی.
• گام ششم در این بسته آموزشی، به منظور آشنا ساختن پژوهشگران با مفاهیم میدان نیرو و تشریح انواع پتانسیل های مورد استفاده در شبیه سازی های دینامیک مولکولی، به همراه نحوه بکارگیری آن ها در نرم افزار لمپس، تهیه گردیده است.
• پس از ارائه مفاهیم روش دینامیک مولکولی و نرم افزار لمپس در مراحل پیشین، در گام هفتم، مدرس به توضیح در مورد نحوه استفاده از نرم افزارهای وی ام دی، آرگوسلب و اپن بابل پرداخته است. این نرم افزارها، ابزارهای مکمل در راستای شبیه سازی های دینامیک مولکولی به شمار می روند.
• در گام هشتم و نهایی، روزبه ثابت وند به نحوه انجام گام به گام شبیه سازی های دینامیک مولکولی و کد نویسی مربوط به ساختارهایی همچون آلومینیوم، گرافین و موارد دیگر پرداخته و نحوه ی استفاده از مفاهیم بیان شده در این پکیج آموزشی را به صورت کاربردی بیان می کند.

بسته آموزشی نرم افزار “لمپس” نیاز به هیچ پیش نیاز علمی و آموزشی نداشته و کاربر با یادگیری این بسته آموزشی قادر به استفاده از این نرم افزار شبیه سازی دینامیک مولکولی خواهد بود.

ویدیوی معرفی زیر نشانگر مراحل کلی طی شده در بسته آموزشی نرم افزار لمپس است.

توجه: به منظور جلوگیری از هرگونه کپی برداری غیرقانونی، گفتار مدرس از این ویدیو نمونه حذف شده است.