بسته آموزشی مدلسازی ساختارهای اتمی

با توجه به اینکه امروزه انجام شبیه سازی های دینامیک مولکولی یک راه کارآمد در زمینه بررسی نانوساختارها و نمونه های اتمی به شمار می رود، در نتیجه پرداختن به جنبه های مختلف این شبیه سازی ها امری ضروری به شمار می رود. در میان جنبه های مختلف شبیه سازی های دینامیک مولکولی، مدلسازی اتمی یکی از مهمترین موارد به شمار می رود به گونه ای که با عدم مدلسازی درست نمونه های اتمی، امکان پیش بینی درست رفتار آن ها غیر ممکن است. به عبارت کلی، مدلسازی اتمی عبارتست از تعیین جایگاه های هر یک از اتم ها در نمونه های مورد بررسی که باید به عنوان اولین قدم در راستای انجام موفقیت آمیز شبیه سازی های دینامیک مولکولی مورد توجه قرار گیرد.

بسته آموزشی مدلسازی ساختارهای اتمی، یک پکیج کامل در راستای آموزش نحوه ایجاد انواع نانوساختارها و چیدمان های اتمی با بهره گیری از نرم افزارهای رایگان از قبیل، آووگادرو، اپن بابل، وی ام دی، آرگوسلب، پکمول و … است. این پکیج آموزشی در سه مرحله گام به گام توسط دکتر روزبه ثابت وند تدوین شده است که این گام های آموزشی عبارتست از:

• در گام نخست، کاربر با مدلسازی ساختارهای اتمی منظم همچون انواع فلزات، آلیاژها، انواع ساختارهای کربنی، کامپوزیت ها و … با استفاده از مجموعه نرم افزارها شامل آرگوسلب، وی ام دی، لمپس، اپن بابل و داده های ارائه شده در بستر اینترنت آشنا می شود.
• در گام دوم، مدرس به مدلسازی ساختارهای نامنظم و یا ساختارهای منظم پیچیده پرداخته و با استفاده از نرم افزارهای آرگوسلب، وی ام دی، آووگادرو، پکمول و داده های ارائه شده در بستر اینترنت این دسته از ساختارهای اتمی را آماده می کند. در این قسمت نحوه مدلسازی انواع نمونه های اتمی همچون انواع پروتئین ها، ویروس ها، ساختارهای زیستی، ترکیبات گازی، مایعات، غشاء های اتمی و … ارائه می شود.
• گام سوم و نهایی در این بسته آموزشی اختصاص دارد به آشنا ساختن کاربر با نحوه ترکیب نمونه های اتمی منظم و نامنظم با یکدیگر به منظور انجام شبیه سازی های دینامیک مولکولی پیچیده که این کار به طور اساسی با استفاده از نرم افزارهای پکمول و لمپس آموزش داده شده است.

بسته آموزشی “مدلسازی ساختارهای اتمی” نیاز به هیچ پیش نیاز علمی و آموزشی نداشته و کاربر با یادگیری این بسته آموزشی قادر به مدلسازی انواع ساختارهای اتمی خواهد بود.

ویدیوی معرفی زیر نشانگر مراحل کلی طی شده در بسته آموزشی مدلسازی ساختارهای اتمی است.

توجه: به منظور جلوگیری از هرگونه کپی برداری غیرقانونی، گفتار مدرس از این ویدیو نمونه حذف شده است.